深圳南方科技大学校园占地约2平方公里，总建设面积约50万平方米。目前校园规划有工学院、理学院、管理学院，交叉学院以及公共教学、后勤服务、科技研发、行政办公及配套商业设施等建设内容。校园规划建设采用国家最新确定的校园建设标准。据南方科大校园规划，结合校园的功能要求，按照整体分散、局部集中的方式总体布局，强调城市与校园的渗透融合发展的规划理念，以公共资源整合为目标，构筑核心组团式的空间结构，规划将城市风貌、自然景观、与校区特色有机联系起来，形成多样化的校园空间形态。在生态结构上，生态廊道贯穿校园。

2008年3月28日深圳南方科技大学建设工程拆迁安置工作启动，南方科技大学迈出校园基本建设的关键一步。南方科技大学筹备办公室主任梁北汉透露，5月份，丹麦将有8所高校来深拜访，他们将深入了解丹麦方面对与深圳高校合作办学的态度、政策及有关情况。梁北汉还透露，筹备中的南方科技大学与丹麦高校合作办学，也探索与香港高校的合作办学，可选择在《深圳市筹建南方科技大学论证报告（办学方案）》拟设立的交叉学院内试行，取得成功再逐步拓展至其他学院。“同时，我们也将通过面向国内外招生，以提高南方科大的国际化。”